フコイダンには、高分子フコイダン・低分子フコイダンがあります。
フコイダンはもともと、分子が非常に強く結合した壊れにくい高分子多糖類といわれるものです。が、人間の身体には、フコイダンを分解するための消化酵素が備わっていないのです。そのためせっかくのフコイダンも吸収することができず、ほとんどが便として排出されてしまうのです。
そこで、科学的特殊加工により分子を細かくして吸収しやすくし、誕生したのが低分子フコイダンです。
低分子化することで、フコイダンは血流に乗り全身に流れます。そこでがん細胞に働きかけ、フコイダン特有の抗癌（がん）作用－アポトーシス作用－がん細胞の自滅、を引き起こすのです。このアポトーシス作用が低分子フコイダンの特徴であり、かつフコイダンにいちばん期待される健康効果です。
ただし、低分子化する過程においてフコイダンとしての分子構造をくずしてしまいフコイダンとしての効果を失ってしまうという意見もあります。
