高分子フコイダンは、消化・吸収されにくいため分解されずに腸の粘膜を刺激しながら、大腸に向かって進んでいき、体内の免疫システムを活性化させるといわれています。
腸の上皮（表面近く）に見られる特殊に発達した細胞－Ｍ細胞に吸収され、有害物質が体内に入リ込むのを防ぐ作用が喚起されることにより、全身の免疫力が一気に高まるというわけです。
このように「高分子フコイダンは吸収されないから、意味がない」というのではなく、「高分子フコイダンは体内に吸収されにくい代わりに、腸管を刺激し、免疫力を高めてくれる」と言うわけです。
「フコイダンを、吸収という一面で見ずに、腸管の免疫作用の面からも見ると、高分子の方が効果が高いのではないでしょうか。吸収率を上げるために行う特殊加工によって低分子フコイダンは硫酸基がバラバラになり、吸収はされやすいが効力では疑問が残る」という意見もあります。
