ひと言でフコイダンと言っても、原材料となる海藻類の種類・分子構造・抽出方法などによって生理活性が異なります。いくつかの種類のフコイダンがあるのです。海藻類のフコイダンにはコンブ由来、モズク由来、メカブ由来が有ります。
F-フコイダンはフコースのみから成るフコイダン
U-フコイダンはグルロン酸とマンノースから成るフコイダン
G-フコイダンはガラクトースとフコースから成るフコイダン
L-フコイダンはコンブの中でもガニアシのみに含まれるフコイダン
GA-フコイダンはコンブの中でもガニアシのみに含まれるフコイダン
コンブのフコイダンにはU-フコイダン、F-フコイダン、G-フコイダンの３種が含まれています。なかでも、U-フコイダンでは、ガン細胞のアポトーシス誘導作用（自滅誘導作用）が確認されています。また、F-フコイダン、G-フコイダンにも免疫活性作用の他様々な作用が報告されています。
フコイダンの含有量が最も多いと言われているモズクフコイダンにも、コンブフコイダンと同様にガン細胞のアポトーシス誘導作用、免疫活性作用が期待されています。アセチルフコイダン は沖縄モズクのみに含まれるフコイダンです。メカブフコイダンは、免疫活性作用、抗ウイルス作用、抗アレルギー作用などの研究が進んでいます。
抽出・製造法によって以下のように分けられます。
海藻類から抽出したそのままのフコイダン・・・・高分子フコイダン
海藻類からの抽出時に特殊加工を施したフコイダン・・・低分子フコイダン
モズクフコイダンの分子量を小さく（約500分子量以下）にしたフコイダン・・・超低分子フコイダン
